Diagnostyka boreliozy często jest problematyczna. Niejednoznaczny obraz kliniczny tej choroby, a także zróżnicowana odpowiedź immunologiczna na występujące w środowisku gatunki Borrelia burgdorferi stwarzają trudności w rozpoznaniu zakażenia. Istotne jest zatem stosowanie takich metod diagnostycznych, które będą w możliwie najmniejszym stopniu obarczone wynikami fałszywie dodatnimi oraz ujemnymi. Przeprowadzone badania oraz porównanie wyników otrzymanych przy zastosowaniu metody ELISA i dwóch rodzajów testów Western blot ukazują znaczną liczbę wyników uznanych za fałszywie dodatnie lub ujemne. Całkowita zgodność wyników testów ELISA i Western blot wyniosła: 65,6% (IgM ELISA: Mikrogen), 69,8% (IgM ELISA: Viramed), 83,9% (IgG ELISA: Mikrogen), 81,9% (IgG ELISA: Viramed). Zaobserwowano większą zgodność wyników dla przeciwciał klasy IgG. Z kolei dla klasy IgM wykazano 11,45% (Mikrogen) i 13,5% (Viramed) ujemnych wyników w teście ELISA potwierdzonych jako dodatnie testem Western blot. Zatem mimo zastosowania bardzo czułego testu przesiewowego uzyskano znaczny odsetek wyników fałszywie ujemnych. Należy unikać takiej sytuacji przy przeprowadzaniu dwuetapowej diagnostyki, w której zakłada się potwierdzanie tylko dodatnich i wątpliwych wyników. W prezentowanym badaniu wykazano, że użyty do diagnostyki test ELISA jest zbyt mało czuły do stosowania go jako test przesiewowy. Uzyskane rozbieżności w wynikach testów Western blot mogą być efektem różnic w składach antygenów oraz sposobie ich pozyskania.